Abondance des éléments dans le corps humain

Un tableau périodique en colormap pour comparer l’abondance des éléments chimiques.

À partir d’un dataset trouvé dans le Handbook of Chemistry and Physics (83e édition), je rédige des scripts qui génèrent les documents présentés ci-dessous.

Script Python :

Le script utilise les modules matplotlib (graphiques), mendeleev (données sur les éléments chimiques), pandas (gestion de tableaux de données) et numpy (gestion et calculs avec tableaux de valeurs).

La méthode suivie est de créer un tableau de données rempli avec d’une part les numéros atomiques, symboles, et noms des éléments, et d’autre part avec les valeurs d’abondance dans le corps humain ; ces dernières valeurs sont importées depuis un fichier csv externe. Le tableau comporte aussi les coordonnées des éléments chimiques (colonnes, lignes) dans le tableau périodique.

Le script vérifie d’abord si un fichier “tableau.csv” existe dans le répertoire du script. Sinon, il crée la variable ‘tableau’ puis génère ce fichier. Si le fichier existe, il en importe les valeurs. Ceci permet de gagner du temps de compilation.

Dans un deuxième temps, le graphique est construit à partir des données précédentes, en dessinant un rectangle coloré pour chaque élément. La couleur de la case dépend de la valeur de l’abondance de l’élément.


Script LaTeX :

Le script LaTeX importe les données depuis le fichier “tableau.csv” généré par le script précédent. Il utilise les packages pgfplots (graphiques) et pgfplotstable (gestion de tableaux de données). La méthode employée a déjà été présentée dans un précédent article.

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